Devido a sua proximidade da Zona de Convergência Intertropical (ZCIT), o clima de São Luiz é tropical e semi-úmido.

A cidade possui elevado índice pluviométrico anual, com expressivas variações nos totais mensais. A estação seca vai de Agosto a Dezembro e a chuvosa de Janeiro e Junho. O pico de precipitação ocorre no mês de Abril, com valores da ordem de 475mm. Entre os meses de Julho e Dezembro, o nível de precipitação é mais baixo e estável, com valores entre 0mm e 50mm. O período chuvoso é influenciado pela Zona de Convergência Intertropical (ZCIT) e o período seco por atividades convectivas, sistemas de brisas e linhas de estabilidade. A média climatológica da precipitação total anual é 2163mm.

A umidade relativa do ar atinge os maiores valores no mês de Abril, em torno de 90%. De Julho a Dezembro, período seco, a umidade relativa do ar apresenta seu mínimo, com média de 78% no mês de Novembro.

A temperatura média anual é de 26°C, com a menor média mensal próxima de 22ºC no mês de Julho. Após esse mês, a temperatura sobe novamente e atinge o maior valor médio, próximo de 31ºC, no mês de Novembro.

Tipos de solo encontrados: Latossolo Amarelos, Solos Aluviais, Solos de Mangue, Podzólico Vermelho Amarelo Eutrófico.

Latitude: 02° 35' 36" S (-2,5933)

Longitude: 44° 12' 44" O (-44,2122)

Altitude: 40

Fuso Horário: UTC -3

Tipo: SOLARIMÉTRICA